Основными государственными медицинскими учреждениями являются МБУЗ МО ейский район «ЦРБ» и военный госпиталь. На базе ЦРБ развернут успешно действующий региональный сосудистый центр и травматологический межрайонный центр 2-го уровня, оказывающих квалифицированную медицинскую помощь не только жителям г. Ейск и Ейского района, но и соседних Щербиновского и Староминского районов. ЦРБ оснащено современным компьютерным томографом, ангиографом, С-дугой дающих возможность значительно улучшить качество диагностики и оперативного лечения. Есть возможность пользоваться платными медицинскими услугами в негосударственных медицинских учреждениях города (лабораторно-клинический центр «Сенситив», коммерческий «Центр Здоровья» и ряд других). Стоматологическая помощь представлена городской стоматологической поликлиникой, множеством частных кабинетов и клиник. Детское бесплатное лечение с выдачей бесплатных препаратов, организации путёвок в лечебные лагеря или санатории на бюджетной основе также доступно., Училище проработало до 2011 года, с 2008 года в виде филиала "Военного учебно-научного центра Военно-воздушных сил «Военно-воздушная академия имени профессора Н. Е. Жуковского и Ю. А. Гагарина , Ейское высшее военное авиационное училище (военный институт) имени дважды Героя Советского Союза летчика-космонавта СССР В.М. Комарова (филиал) Военно-воздушной академии имени профессора Н.Е. Жуковского и Ю.А .