В 1996 г. были открыты экспозиции «Земля и ее геосферы», «Земля в Космосе», «Развитие органического мира». Затем «Геологический очерк окрестностей Москвы» (1997 г.), «Исторические коллекции» (1997 г.), «Геологическая Кунсткамера» (2000 г.). Была создана передвижная выставка «Подмосковье за миллионы лет до нашей эры», с г. экспонировавшаяся в 10 городах Подмосковья. В музее регулярно проводились временные выставки, в том числе «275 лет Российской Академии наук» (1999 г.), «300 лет горному делу в России» (2000 г.). Коллекции музея были представлены на выставках за рубежом: в Голландии, Греции, Италии, Польше. С 2002 по 2008 гг. музей возглавлял профессор Геннадий Валерианович Калабин, затем с 2008 по 2010 гг. директором был д.г.-м.н. Сергей Викторович Белов. С 2010 по 2015 г. руководил музеем академик РАН Юрий Николаевич Малышев, который привлек инвестиции для ремонта экспозиционных залов и других помещений музея. Был обновлен витринный парк и добавлены интерактивные элементы в постоянные экспозиции. Много внимания стало уделяться работе с детьми, создана «Демидовская» кафедра и Межвузовский академический центр навигации по специальностям горно-геологического профиля. С 2015 г. музей возглавляет Сергей Владимирович Черкасов. Продолжается модернизация экспозиций. Сотрудники музея вели и ведут научно-исследовательскую работу: делают доклады на российских и международных конференциях и симпозиумах, публикуют статьи, сборники трудов музея, монографии. Музей с 1998 г. выпускает непериодическое издание «Novitates-VM», в котором публикуются результаты изучения музейных коллекций. Коллекции музея востребованы отечественными и зарубежными специалистами., Право на бесплатное посещение: · дети в возрасте до 7 лет · дети - сироты и дети, оставшиеся без попечения родителей, дети-инвалиды, им. В.И.Вернадского С 1880 г. в Геологическом кабинете (музее) хранителем, а с 1884 по 1929 г. заведующим работал Алексей Петрович Павлов (1854-1929) – крупнейший геолог, стратиграф, палеонтолог .